viernes, 16 de marzo de 2012

4.4.1 Secuenciación del ADN


Inicialmente, se pensaba que la secuenciación de los ácidos nucleicos era mucho más difícil que la de las proteínas, y muy poco progreso se hizo hasta 1960. Esto se debió, en parte, a la falta de substratos puros del tamaño adecuado, con los cuales desarrollar los métodos y en parte, a la composición de los ácidos nucleicos. Se esperaba que la interpretación de los resultados de la secuenciación de los ácidos nucleicos (cuatro monómeros) fuera más difícil que el de las proteínas (20 aminoácidos), y se tendrían que aislar productos de degradación más grandes para poder traslaparlos y deducir sus secuencias. Por otro lado, el hecho de tener cuatro componentes solamente, se pensaba, haría más fáciles los analices finales. Al inicio, la dificultad predominante fue la interpretación de los resultados, pero a medida que las técnicas se fueron mejorando y que se fueron estudiando moléculas más largas, la cuestión del análisis empezó a ser más importante. Hoy, la secuenciación de ácidos nucleicos es más rápida y simple que la secuenciación de proteínas.


                                      



La estrategia básica de la secuenciación de ácidos nucleicos es idéntica a la que se utiliza en la secuenciación de proteínas. Ésta involucra:

1.- La degradación específica y el fraccionamiento de los polinucleótidos de interés a fragmentos suficientemente pequeños para ser secuenciados.

2.- La secuenciación de los fragmentos pequeños.

3.- El ordenamiento de los fragmentos a través de la repetición de los pasos anteriores, usando un procedimiento de degradación que produce una serie de fragmentos de polinucleótidos que traslapan el punto de corte en la primera serie.

   


4.4 Replicación in vitro del ADN (PCR)

  Reacción en Cadena de la Polimerasa.

  • Es la amplificación de DNA in vitro por medio de la polimerización en cadena de DNA utilizando un termociclador.
  • El propósito del PCR es hacer muchas copias de un fragmento de DNA.
  • Se realiza la amplificación de un segmento específico de DNA, teniendo poco material disponible.


La Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) es una técnica de laboratorio que permite la copia in vitro de secuencias específicas de DNA y que ha revolucionado el campo de la Biología Molecular. Conceptualmente, la PCR es una técnica sencilla, consiste en la separación por calor de las dos cadenas del DNA que se quiere amplificar, y su copia simultánea a partir de un punto, determinado por un fragmento de DNA artificial llamado cebador, mediante la acción de una enzima denominada DNA polimerasa. El resultado es la duplicación del número de moléculas de una secuencia concreta de DNA. Este proceso se repite un número determinado de veces o ciclos, generalmente 30, y se consigue un aumento o amplificación exponencial del número de copias del fragmento de DNA molde. }

                                                     


Fue diseñada por el Dr. KaryMullis en 1987.

  • Ganó el premio Nóbel de Química en 1993 por su invento.
  • Utilizo el PCR para amplificación del gen de b-hemoglobina humana, y el diagnostico prenatal de anemia falciforme.


  La gran ventaja de la PCR es que amplifica únicamente el fragmento de DNA que queremos aunque esté en cantidades mínimas (alta sensibilidad) o en presencia de grandes cantidades de otros DNA semejantes (alta especificidad). La reacción es eficaz incluso si se parte de muestras de DNA muy poco purificadas, en presencia de otros componentes.



4.3 Control de la replicación
El proceso resultante de la duplicación de ADN se conoce como división celular, la cual se ha estudiado a nivel citológico estableciéndose ciertas pautas cubiertas por lo que se conoce como ciclo celular.

La mayor parte de los estudios y los primeros avances sobre los mecanismos de control del ciclo celular en eucariotas se han realizado empleando como modelo las levaduras. Las levaduras son hongos unicelulares que presentan grandes ventajas como modelo de estudio del ciclo celular eucariota. Son organismos muy adecuados porque tienen tiempos de generación cortos, (90 minutos frente a las 24 horas que dura el ciclo de las células animales) y su genoma es alrededor de 100 veces menos complejo que el de una célula de mamífero, pero mantienen el mismo tipo de organización del ciclo celular que los eucariotas multicelulares. Además, es fácil de manipular genéticamente, siendo posible aislar mutaciones en genes que controlan procesos celulares básicos, clonar los genes identificados por esas mutaciones.

La mayor parte de los estudios de ciclo celular se han llevado a cabo empleando
S.cerevisiae, la levadura del pan y la cerveza también conocida como la levadura de gemación por su característico estilo de división. En el caso de este organismo hay que añadir la ventaja de que actualmente se conocen los aproximadamente 16 millones de pares de nucleótidos que constituyen la secuencia completa de su genoma.

Estos estudios han permitido identificar una familia de proteínas quinasas dependientes de ciclina.

miércoles, 14 de marzo de 2012

4.2 replicacion del dna en eucariontes


4.2. Replicación del DNA en eucariontes.

El mecanismo para la síntesis del DNA en eucariontes probablemente es similar al proceso en procariontes.

Es similar a la de los procariontes, es decir,
semiconservativa y bidireccional. Existe una hebra conductora que sintetiza de manera continua y la retardada de forma discontinua con fragmentos de Okazaki.

La enzima que lleva a cabo la replicación del ADN es la
ADN polimerasa, esta enzima tiene unos requerimientos específicos para trabajar, que le imponen restricciones:
1. Sólo añade nucleótidos en la dirección
5’3’.
2. Necesita para poder empezar a copiar y unir nucleótidos un
molde de ADN.
3. Necesita  un pequeño trocito de ARN al cual unir los nucleótidos, ya que ella no puede empezar a unir los nucleótidos sin tener una pequeña cadena ya formada.
4. Utiliza  nucleótidos trifosfato.
Dadas las necesidades de esta enzima y sabiendo que la molécula de ADN está formada por dos hebras antiparalelas, se plantea un problema en la cadena de ADN que va en la dirección 5’
3’, porque aquí la enzima estaría trabajando en la dirección contraria, y sin embargo, se observa que las dos hebras se van replicando.
La solución al dilema la dio el desabrimiento, en 1968, por
Okazaki de unos fragmentos constituidos por unos 50 nucleótidos de ARN y entre 1.000 y 2.000 nucleótidos de ADN, denominados fragmentos de Okazaki. Así se podía explicar como se copia esta cadena, siendo de forma discontinua en la dirección 5’3’ y la otra cadena de forma continua. También quedaba solucionado el problema de que la enzima necesitara una cadena de ARN a la cual unir los nucleótidos.

 

  Existe una secuencia de nucleótidos en el ADN llamada origen de replicación que actúa como señal de iniciación.
  Las cadenas de ADN están unidas por puentes de hidrógeno, que debemos romper para facilitar la separación de las cadenas para ser copiadas, esta separación la lleva a cabo las enzimas helicasas.
  Como el desenrollamiento de la doble hélice da lugar a superenrollamientos en el resto de la molécula, capaces de detener el proceso, se hace preciso la presencia de las enzimas topoisomerasas que eliminen las tensiones en la fibra.
  A continuación, para evitar que las dos hebras vuelvan a reunirse y formar los puentes de hidrógeno se colocan unas proteínas llamadas SSB



                           

El proceso es bidireccional, es decir, hay una helicasa trabajando en un sentido y otra trabajando en sentido opuesto. Se forman pues las llamadas burbujas u ojos de replicación.

                                    


Como ninguna ADN-polimerasa puede actuar sin cebador, interviene primero una ARN polimerasa (primasa) que si lo puede hacer, sintetiza un corto fragmento de ARN de unos 10 nucleótidos denominado primer que actúa como cebador.
 
Después interviene la ADN polimerasa III, que a partir de este cebador comienza a sintetizar en dirección 5’3’ una hebra de ADN partir de nucleótidos trifosfato. La energía necesaria para el proceso es aportada por los propios nucleótidos que pierden dos de sus fósforos. Esta nueva hebra se sintetiza en el sentido que se abre la horquilla de replicación, es de crecimiento continuo y se denomina hebra conductora.
Sobre la otra hebra (hebra discontinua o retardada) la ARN polimerasa sintetiza unos 40 nucleótidos de ARN en un punto que dista unos 1.000 nucleótidos de la señal de iniciación. A partir de ellos la ADN polimerasa III sintetiza unos 1.000 nucleótidos de ADN, formándose un fragmento de Okazaki. Este proceso se va repitiendo a medida que se van separando las dos hebras patrón.
 
A continuación interviene la ADN polimerasa I, que, primero, gracias a su función exonucleasa, retira los segmentos de ARN, y que luego, gracias a su función polimerasa, rellena los huecos con nucelótidos de ADN.
 
Finalmente la ADN ligasa unirá los dos extremos, tanto en la cadena continua como los sucesivos fragmentos de Okazaki que se van formando en la cadena discontinua.
Cuando se observa como se produce la replicación se ve que la cadena continua va más rápida que la discontinua, esto es debido a que cada vez que se forma un fragmento de Okazaki hay que realizar todo este proceso como si se comenzara la síntesis de nuevo, formando el primer y el resto de pasos, sin embargo, en la continua solo se realizará una vez.
                  

El ADN de los eucariontes está fuertemente asociado a los octámeros de histonas, en forma de nucleosomas, por lo que además de replicarse el ADN, deben duplicarse también las histonas. Al parecer, tanto los nuevos nucleosomas como los antiguos se reparten de manera aleatoria entre las dos nuevas hebras hijas: en la retardada y en la conductora.
 
La longitud del ADN de un cromosoma eucariótico es mucho mayor que el ADN bacteriano, de ahí que no haya un único origen de replicación. Para que el proceso sea más rápido, existen numerosas burbujas de replicación a lo largo de cada cromosoma.

                     

Terminación de la replicación: síntesis de los telómeros
El final de la replicación en eucariotas tiene que resolver el problema del acortamiento de los cromosomas. Para ello ha desarrollado la estructura de los telómeros y telosomas, y la actuación de una nueva enzima emparentada con las retrotranscriptasas: la telomerasa.



viernes, 9 de marzo de 2012

4.1 Replicación del genoma procariótico


El ADN es una molécula formada por dos hebras complementarias y antiparalelas. Una
de las primeras dudas que se plantearon fue la de cómo se replicaba el ADN. A este
respecto había dos hipótesis:
1
) El ADN se replica de manera conservativa. Esto es, cada hebra de ADN forma una copia

  y una célula hija recibe la molécula original y la otra célula recibe la copia.
2
) El ADN se replica de manera semiconservativa. Cada hebra de ADN forma una hebra
complementaria y cada célula hija recibe una molécula de ADN que consta de una hebra
original y de su complementaria sintetizada de nuevo.


La replicación del ADN produce una copia de sí mismo por medio de enzimas que además de ser muy exactas poseen un sistema de reparación de errores. El mecanismo de replicación es es esencialmente el mismo en todas las células. Es un proceso semiconservativo porque cada uno de los dos ADN hijos tiene una cadena del ADN anterior




hay 1 lugar de origen de replicación que se muestra en la horquilla de replicación (replication fork) y que señala el avance de la copia. La horquilla (fork) indica que se está haciendo la separación y la replicación a la vez. El avance es bidireccional, lo que acorta el tiempo. En el sitio en que empieza la replicación se organizan las proteínas en un complejo llamado replisma. La replicación del ADN en procariotas sucede a una velocidad de 500 nucleótidos por segundo.


Una vez que se abre la molécula, se forma una área conocida como "burbuja de replicación" en ella se encuentran las "horquillas de replicación" . Por acción de la la ADN polimerasa los nuevos nucleótidos entran en la horquilla y se enlazan con el nucleótido correspondiente de la cadena de origen (A con T, C con G). Los procariotas abren una sola burbuja de replicación, mientras que los eucariotas múltiples. El ADN se replica en toda su longitud por confluencia de las "burbujas".
Dado que las cadenas del ADN son antiparalelas, y que la replicación procede solo en la dirección 5' to 3' en ambas cadenas, numerosos experimentos han mostrado que, una cadena formará una copia continua, mientras que en la otra se formarán una serie de fragmentos cortos conocidos como fragmentos de Okazaki . La cadena que se sintetiza de manera continua se conoce como cadena guía, delantera ó adelantada y, la que se sintetiza en fragmentos, cadena atrasada ó rezagada.

Los fragmentos cortos, recién sintetizados de hebras de ADN se denominan fragmentos Okazaki. Todas las ADN polimerasas conocidas, pueden sólo sintetizar ADN en la dirección 5' a 3' . Sin embargo, cuADNo las hebras se separan, la horquilla de replicación se desplaza a lo largo de una hebra molde en la posición 3' a 5' y 5' a 3' en el otro lado del molde.







En la primera , la cadena adelantada de ADN es sintetizada continuamente en la dirección 5' a 3'. En la otra, llamada la cadena atrasada, la síntesis de ADN sólo ocurre cuADNo una sección de una hebra simple de ADN ha sido expuesta y procede en la dirección opuesta a la dirección de la horquilla de replicación (5' to 3'). Es por ésto discontinua y la serie de fragmentos Okazaki son unidos de manera covalente por las ligasas formADNo una hebra continua. Se denominan fragmentos Okazaki porque fué éste investigador quien primeramente los observó y estudió usADNo timidina radioactiva . En los eucariotas, los fragmentos Okazaki están formados por unos cuantos cientos de nucleótidos, mientras que en los procariotas estos fragmentos pueden alcanzar algunos miles



Para que la ADN polimerasa trabaje, se necesaria la presencia, en el inicio de cada nuevo fragmento, de pequeñas unidades de ARN conocidas como cebadores, a posteriori, cuADNo la polimerasa toca el extremo 5' de un cebador, se activan otras enzimas, que remueven los fragmentos de ARN, colocan nucleótidos de ADN en su lugar y una ADN ligasa que los une a la cadena en crecimiento.





jueves, 8 de marzo de 2012

      SEP                       SNEST                        DGEST
 
 
 

PRESENTA: Francisco Galindez De Paz

NUM.CONTROL :09930037




UNIDAD IV: Replicacion del adn




LIC.BIOLOGIA VI SEMESTRE



a 08 de marzo del 2012







 INTRODUCCION


La replicacion del adn va a permitir atravez de varios procesos o pasos que la informacion genetica se trascriba,  o se copee.
La propiedad más notable de las células vivas es su capacidad de reproducirse con una fidelidad casi perfecta, no solamente una generación, sino durante centenares y millares de generaciones.

existe un modelo, el llamado modelo conservativo el cual va a permitir copiar el adn, este modelo explica y postula como es que se lleva acabo este proceso del ADN.
 El modelo que explica cómo se duplica el DNA se denomina modelo semiconservativo ya que a partir de una molécula de ADN obtendremos dos exactamente iguales, cada una con una hebra antigua.

La horquilla de replicación
La unión entre las hebras recientemente separadas y el dúplex no replicado, es lo que se llama "horquilla"

Fragmentos de Okazaki
a) Presentes en la hebra retardada
b) Varían de 1000 a 2000 nucleótidos en procariotas, y 100 a 400 en eucariotas
c) Unión covalente posterior

Primasas
 
a) Discusión de su rol: diferencias entre hebras líder y retardada
b) No requiere secuencias de ADN específicas: se activa en presencia de otras proteínas como la helicasa
c) Incorpora 5 a 10 nucleótidos que sirven como cebadores



OBJETIVOS

 
v  Entender como se transmite la informacion genetica entre los seres vivos y su relacion con los mecanismos de herencia.
 
v  Distinguir los mecanismos de duplicacion del material genetico en procariotas y eucariotas.


METODOLOGIA


Se llevaran acabo cada uno de los punto de acuerdo con lo que se valla viendo en clase y con informacion recabada en  internet,  la informacion contenida sera antes vista, se publicara cada entrada con su tema.

martes, 6 de marzo de 2012

ESPERIMENTO DE MESELSON Y STAHL

 
  SEP                       SNEST                    DGEST




                           



TRABAJO DE: el experimento de Meselson y Stahl




FRANCISCO GALINDEZ DE PAZ

NUM.CONTROL: 09930037



LIC. BIOLOGIA VI SEMESTRE




CIUDAD ALTAMIRANO, GRO. MÉXICO. A  06 de marzo del 2012



Experimento de Meselson y Stahl sobre la síntesis de DNA en procariotas
 


Meselson y Stahl (1958) demostraron que el DNA de E. coli se replica de forma semiconservativa, tal como habían propuesto Watson y Crick (1953) al elaborar el modelo molecular del DNA y tal como podía deducirse de los experimentos realizados previamente por Taylor (1957) sobre la síntesis de DNA en eucariotas. El experimento de Meselson y Stahl está basado en la variación de la densidad de flotación del DNA derivada de la utilización del isótopo pesado del nitrógeno (N15) y el análisis de dicha variación mediante la técnica de ultracentrifugación en gradiente de Cloruro de Cesio.


para ello llevaron acabo el siguiente experimento:



1) 
 Cultivaron bacterias E. Coli en un medio que contenía 15NH4Cl como única fuente de nitrógeno.


 El 15N se incorpora a las bases de pirimidina y purina; por lo tanto, el ADN pasa a ser más pesado de lo habitual.




2)
 Tomaron las bacterias cultivadas en 15N y las transfirieron a un medio que contenía 14NH4Cl. El ADN fue aislado en varias ocasiones a partir de la nueva ubicación de la bacteria en el medio 14N. Cultivaron las bacterias durante dos generaciones más y aislaron el ADN.





3)
 Utilizaron la técnica denominada centrifugación por gradiente de densidad, que permite separar entre sí moléculas de ADN según su densidad.


El ADN está mezclado con una solución de cloruro de cesio (CsCl). La mezcla de CsCl y ADN se centrifuga a una fuerza G alta en un tubo de centrifugación. El ADN dejará banda en el gradiente de CsCl (formada por la centrifugación) a su densidad correspondiente.
Se centrifugó una pequeña cantidad del 15N / 15N ADN y las diferentes muestras de ADN tomadas de las generaciones 1 y 2, en el gradiente CsCl. Tras la centrifugación de las diferentes muestras:

 




¿Por qué razón forma el ADN una "banda" en una posición determinada del gradiente CsCl?

El ADN se sedimenta formando una capa en la posición del tubo en la cual la densidad de la solución de CsCl es igual a la del ADN.

Los experimentos de Meselson y Stahl demostraron que el ADN se replica siguiendo un método semiconservativo. La ausencia de la banda en la posición pesada del gradiente tras 1 generación contradecía el método conservativo; por lo tanto, la replicación era semiconservativa. El modelo de Crick y Watson era correcto – la replicación del ADN mediante un método semiconservativo: 1 hebra de cada molécula de doble hebra de ADN se conserva en la nueva molécula hija de ADN.

 

BIBLIOGRAFIA