4.4.1 Secuenciación del ADN

Inicialmente, se pensaba que la secuenciación de los ácidos nucleicos era mucho más difícil que la de las proteínas, y muy poco progreso se hizo hasta 1960. Esto se debió, en parte, a la falta de substratos puros del tamaño adecuado, con los cuales desarrollar los métodos y en parte, a la composición de los ácidos nucleicos. Se esperaba que la interpretación de los resultados de la secuenciación de los ácidos nucleicos (cuatro monómeros) fuera más difícil que el de las proteínas (20 aminoácidos), y se tendrían que aislar productos de degradación más grandes para poder traslaparlos y deducir sus secuencias. Por otro lado, el hecho de tener cuatro componentes solamente, se pensaba, haría más fáciles los analices finales. Al inicio, la dificultad predominante fue la interpretación de los resultados, pero a medida que las técnicas se fueron mejorando y que se fueron estudiando moléculas más largas, la cuestión del análisis empezó a ser más importante. Hoy, la secuenciación de ácidos nucleicos es más rápida y simple que la secuenciación de proteínas.

                                      

La estrategia básica de la secuenciación de ácidos nucleicos es idéntica a la que se utiliza en la secuenciación de proteínas. Ésta involucra:

1.- La degradación específica y el fraccionamiento de los polinucleótidos de interés a fragmentos suficientemente pequeños para ser secuenciados.

2.- La secuenciación de los fragmentos pequeños.

3.- El ordenamiento de los fragmentos a través de la repetición de los pasos anteriores, usando un procedimiento de degradación que produce una serie de fragmentos de polinucleótidos que traslapan el punto de corte en la primera serie.